始于20世纪80年代初的中国经济改革，正在与市场经济逐步接轨。特别是在城市，与市场经济相适应的经济体系已经初步建立。但从广大农村来看，市场经济因素发育还很不成熟，农村经济社会生活仍然保留着传统计划经济时的特征。如果说，在城市，改革的顺序是先经济发展而后政治改革，属于经济改革的深入提出了深化政治体制改革的要求，那么，在农村，制约经济发展和融入市场体系的主要因素，则与政治体制的改革滞后紧密相关。从一定意义上说，要想加快农村经济发展或推动农村经济的市场化步伐，要想走出“三农”困境，则必须用政治体制改革来带动。实施城乡统筹发展战略，首先必须推进农村政治体制改革。而进行农村政治体制改革，又必需在以下几个问题的认识和解决上取得突破：
一、“三农”问题的形成是多种因素综合作用的结果，解决“三农”问题既需要城乡互动，统筹发展，更需要加快形成农村自我发展的良性机制。这一良性机制的核心，就是提高县乡政权机构的运行效能。农村经济社会发展，是以县乡干部为组织核心与推动力的，县乡干部的积极性和作用发挥如何，直接关系到农村经济发展。而调动县乡干部积极性，还缺少相应的工作机制和运行机制。现阶段我国县乡机构的设置与运行效果，与解决“三农”问题和实施城乡统筹发展的需要是不相适应的。突出体现为：县乡机构设置过多、过滥，政权机构的各个组成部分相互挚肘、扯皮，人浮于事，不仅运行效率低，而且压抑干部群众的积极性。在这种体制下，既“以人为本”，即一切以领导干部特别是主要领导的意志为本，又不能“以人为本”，即不能尊重每个人的积极性、创造性，造成干部心气不顺，工作机制不顺，管理体制不顺，再好的资源、再好的政策，都难以发挥最佳效益，从而形成解决“三农”问题的体制惰性，形不成县域发展的合力。
二、新型农村政治体制的确立必须以务实、高效为前提，建立这一体制需要对现有农村政治资源进行整合。在农村经济发展过程中，县乡政权和村级组织起决定性作用，直接面对基层复杂而具体的矛盾。但从政权机构的构成看，现在实行的是党委领导下的政府负责制，党委、人大、政府、政协四家机构同时存在，共同参与经济运行与决策，从不同角度、不同侧面对同一问题实施指导和解决。特别是党委和政府之间，分工不明确，工作相互交叉。重大事项都是党委决策、政府实施。涉及到一些具体工作，党委、政府都有分管领导。这种政治体制的运行结果：一是对同一问题难以形成一致意见，决策不果断，影响效率。二是对难点问题、复杂问题推诿扯皮，难以得到有效解决，形成诸多历史遗留问题。三是争功推过，形成矛盾和恩怨，班子不和，矛盾重重，内耗严重，好事抢着管，难事推着干，造成有些事谁管谁都不管，有些事谁都来管的局面，使当事者无所适从。尤其严重的是，县乡政府的一把手都是党委第二书记，实际上是“二把手”，决策时都是书记拍板，有时党委领导代行政府职能，或过多干预政府工作，影响政府领导开展工作的积极性，在出现问题后，追究责任时又是政府领导受过。如，在十分严肃的防治“非典”、禽流感、安全生产等工作中，都是书记挂帅决定重大事项，行政正职和分管领导提出的意见并不能实施，但出现问题时都是行政正职和分管领导受责。如此种种，使县乡政权机构的效用难以得到有效发挥，必然影响和制约农村经济发展。改革这一体制的根本要求，就是要区分农村与城市发展的不同阶段，特别是区分县域与城区的不同情况，从农村发展的实际需要出发，以务实、高效为前提，对现有的机构设置、人员配备等进行有效整合，形成与市场经济发展需要相适应的新体制、新机制、新队伍。
三、深化农村政治体制改革是加强党的执政能力建设的需要，在整合农村政治资源的过程中，必须突破两大障碍。一是思想障碍。主要是在党的领导的具体实现方式上要转变观念。传统理论与作法认为，坚持党的领导就是党委管理一切，只有党委的决策才是贯彻执行党的路线、方针、政策的，与此相适应形成了现在的机构设置与体制。改革这一体制就必须在理论上进行创新与突破，转变思想观念。建立新型农村政治体制的理论基点是，加强党对农村工作的领导，主要体现在党在农村的执政能力和影响力上，无论哪一级组织或机构，只要党员领导干部占主体、以党的理论和宗旨为指导、在党的组织监督之下、以“三个代表”为要求开展工作，就能保证党的领导、党的威信和影响力，进而巩固党的执政基础。只有确立了这样的思想前提，才能大胆地对现有机构进行改革和创新。二是人员障碍。改革农村政治体制，具体体现为对现有的机构设置进行调整，调整机构必然调整人员。富余人员怎样安置，在岗人员怎样配置，直接关系到切身利益。而且，这部分人员都有很大的“能量”，矛盾错综复杂，解决不好，既影响积极性，又影响社会稳定。只有这一关过好了，政治体制改革的各项措施才能顺利实施。
四、农村政治体制改革的目标模式是：党政合一设置、两权分立运行、乡村一体自治、民间组织调节。农村存在的问题和矛盾错综复杂，其中一个重要原因，就是在原有政治体制下，党政机关管了许多不该管的事，把自已当作农民的救世主，行政运行与村民自治相冲突，直接侵犯农民的利益。解决这一问题必须进行农村政治体制改革，构建新的农村政治体制。
党政合一设置，就是改变目前党委、政府分立的局面，县以下实行党委、政府一个机构，两块牌子，减少领导职数，党政交叉任职，实行党委书记负责制。在这种机构设置的框架下，县域只有一个“一把手”，党委书记与行政首长“一肩挑”，对农村经济发展负总责。根据各地情况不同，领导职数可以定为6-8人，其中，党委书记兼任行政正职，主持全面工作。专职副书记1人，主管政法、纪检、党务、群团等党的工作。设行政副职5-7人，分管具体行政业务。
两权分立运行，就是通过党政合一设置，确立党领导下的行政权体系。通过对人大、政协机构的整合，确立议事监督体系。通过对这种整合，将县级党委、人大、政府、政协四家机构合并为两家，分别行使行政权和监督权。
乡村一体自治，就是减少乡镇这个中间环节，撤乡并村，实行村支部领导下的村域自治，县级党政部门根椐工作职能，将工作触角直接延伸到村。如：农业局直管村级农业事务，民政局直管村级民政事务等等。村中实行村总支或村支部领导下的村委会工作制度，涉及党的方针、政策等需在农村落实的事项，由村党总支或党支部负责，其他涉及村民切身利益和村级发展的事项，与党的路线、方针、政策不相冲突的，实行村域自治，由村民大会、村民代表大会等决定，村委会作为村民自治机构而存在。
民间组织调节，就是培育、发展和完善农村的民间组织，如农民协会和各种专业协会，将过去由乡、村承担的民间调节功能，交给民间组织管理，由民间组织承担。如，成立农民协会，作为农民自我管理的一种组织形式，既可以代表农民维护农民的权益，反映农民的意愿，同时，还可以作为党与政府同农民进行沟通联系的桥梁和纽带，依靠农民协会这种民间组织，解决依靠法律、政策所无法解决或无法高效解决的民间矛盾与纠纷，有利于农村的稳定。
五、构建新的农村政治体制，必需加强和改善党对农村工作的领导，完善党对农村工作的领导方式和执政方式。党对农村工作的领导，主要体现在两个方面：一是党的路线、方针、政策在农村能得到通畅的贯彻实施，实现党的意志；二是党的组织在农村起决定性作用，不同层面的群体都能紧紧地团结在党组织的周围，体现党的号召力、组织力和领导力。做到上述两点，不一定非按传统方式一切由党委机构决定，使人大、政府、政协等处于从属地位，这样，不利于调动方方面面的积极性。按照新的农村政治体制改革的目标模式，加强党的领导主要通过健全组织制度来实现。如，党政合一后，一方面，党委会、政府会分设，重大事项由党委会提出、决策，政府会予以贯彻实施。另一方面，健全党内组织生活，党内政内有所区分，使领导班子中占绝对多数的党员干部成为贯彻党的路线、方针、政策的骨干。党对农村工作的领导，归根到底是发挥党组织的活力，只要党员干部、党的组织在农村发展中起核心作用，就能保证农村工作的社会主义方向。（三农中国）