2000年初，党中央、国务院决定在安徽全省进行农村税费改革试点。三年多，安徽省农村税费改革取得了明显成效，基本确立了由农业税、农业特产税及其附加和“一事一议”筹资为主要内容的新的税费制度框架，农民负担正在逐步纳入规范化、法制化管理轨道。农村税费改革在取得明显成效的同时，也存在着一些不容忽视的矛盾，需要认真对待和解决。
一、制度变迁中制度环境与制度安排的矛盾
农村税费改革后，为了解除乡村两级财力的陡然困窘，安徽省采取的制度安排有：一是按照精简、统一、效能的原则，转变乡镇政府职能，精简机构和人员。二是适当合并村组，精简村组干部，辞退乡聘干部。三是乡镇以下管理职能及其管理费用由相应部门承担。如计划生育、环境保护、人员培训等，实行谁负责谁出资的原则，从而减少了乡镇开支。但是，乡镇财力缺口大的问题仍然非常突出，这说明，在制度变迁的过程中，制度安排在现有的制度环境中，其积极效用不明显，乃至在递减，制度环境刚性约束着制度安排发挥积极作用。因此，在这种状况下，要解决问题，就不是制度安排所能企及的，而必须进行制度环境创新，调整框架结构。
我国目前设置的是五级政府的行政框架。在这种框架下省级区划单位数量偏少，区划面积过大，所辖人口过多，管理层次复杂，管理成本高。而当今世界许多国家区划层次较少。西方国家行政区化的层级最多为3级，少的有2级，甚至1级。美国行政区划可视为3级。但由于美国实行联邦制和地方自治，地方上下级之间的行政隶属关系并不像单一制国家那样强。法国行政区划为3级。英国行政区划为3级和2级并存。日本行政区划则为2级制。除此之外，西方多数国家一级区划辖区较小，数量较多。美国国土地面积9372614平方公里，一级区划为51个，即50个州和一个哥伦比亚特区。英国国土面积242000平方公里，一级区划92个。日本国土面积377800平方公里，一级区划47个。
以上情况表明，在我国要解决乡镇财政缺口问题，以及其他行政管理问题，必须突破原有的制度环境，缩小省级区划范围，增加省级区划数量，减少管理层次，比如可以将乡镇政府转为县级政府的派出机构，以求大量精简非必要的乡级机构和人员。当然，这不是一蹴而就的事情，可以逐步通过撤乡并镇、裁减人员等过渡性措施分步到位。
二、改革的合理性、可行性与过程性的矛盾
农村税费改革中，之所以出现二轮承包不完善，造成新的赋税不公，以及农税征收出现法律空白，征收手段弱化的问题，关键在于近些年来我国农村改革的合理性、可行性与过程性的矛盾。我国农村基本经营制度是以家庭承包经营为基础，统分结合的双层经营体制。为了稳定土地承包关系，早在1984年，中央就制定了农村土地承包期15年不变的政策，1993年针对第一轮土地承包将陆续到期的情况，中央又及时明确：在原定耕地承包期到期之后，再延长30年不变。土地延包工作在安徽省早已完成，前些年又及时搞了大规模的检查，延包的后续完善工作得到及时总结，总体是不错的，但也仍然存在一些地方二轮承包不完善，或个别地方根本就没有搞二轮土地承包的现象，从而在税费改革中出现计税土地面积不实的问题。这表明农村土地延包的合理性、可行性与过程性不是同步的，存在着不平衡发展的态势。
至于大量存在的“有地无税”和“有税无地”现象，以及农税征收中的法律依据不充分，征收手段弱化等问题，说到底在于农村税费改革虽然是合理的、可行的，但它是作为过程而存在的，有它产生和发展的历史，不可能一步到位，毕其功于一役。因此，对于农村税费改革必须从一个长期的过程来考虑，在不同的目标阶段，制定不同的规划、政策和措施，同时，在实际发展过程中，要根据具体情况，不断调整和修改其目标及相应的政策措施。
三、村民自治中利益实现途径社会性与利益实现要求自我性的矛盾
一事一议”是农村税费改革中的新生事物，它激发了广大农民参与民主决策、民主管理、民主监督的积极性，使广大农民发扬主人翁精神，依法行使民主权力，推进了农村基层民主政治建设。但是“一事一议”在操作过程中遇到了“会难开，事难议，款难筹”等问题。那么，为什么会出现这种现象呢？从政治学的角度看，原因在于村民自治中利益实现途径的社会性与利益的实现要求自我性的矛盾。
任何利益都是在社会中形成的，而且必须在社会中，通过特定的社会关系和社会途径才能实现，这就构成了利益实现途径的社会性。自我实现是一切利益的天然本性和基本规定，离开了这一本性和规定，利益就不称其为利益。利益的自我实现性源于人的需要的自我满足。任何需要主体的任何需要，从其产生那一刻起，就带有自我满足的动力基础和目标指向，在人们的生产活动和社会关系中，人的需要转变为利益，人的需要的自我满足也就转变成了利益的自我实现要求。利益实现途径的社会性与利益实现要求自我性的矛盾，构成了利益内涵的第一个也是最基本的矛盾。
利益内涵的这一基本矛盾对利益关系具有重大意义。一方面，由于利益的社会性，迫使作为利益主体的个人为了满足自己的需要，或者说实现自己的利益而在社会中寻求实际途径，从而促使了利益关系的形成，利益关系由此获得了共同性的一面；另一方面，由于利益的自我性决定了任何一对利益主体结成的最简单的利益关系中，首先包含着具有独立意义的两个利益内容，即两个利益主体各自的利益。尽管在有些情况下，利益关系中的两个利益在内容上是部分重合或完全重合的，可是，这也并不能排除或否认它们实际上是具有独立意义的两个利益的重合。利益的自我性决定了任何结成利益关系的利益之间必然存在差异性，这就使得利益关系具有矛盾性的一面。就“一事一议”来看，虽然其所议内容都是和农民切身利益密切相关的集体事业和村内公益事业，是广大村民的共同利益，但它并不等于就是每一个村民的个人利益，两者是有差距的。加之前些年的乱收费、乱摊派，使广大村民的政治参与热情和对“一事一议”的关心程度、信任程度大为降低，从而使一事一议在实际生活过程中形成操作难的问题。
四、村集体经营体制上的内生变量与外生变量的矛盾
我国农村的基本经营制度是统分结合的双层经营体制，统”是指集体统一经营，“分”是指家庭承包经营。但相对于“分”而言，“统”的组织措施并没有落实到位。在我国以村民小组为单位的村内农业集体经济组织，尽管有自己的土地，但作为独立组织的其他条件则不具备。而市场经济要求承包经营户和村集体经济组织，要具备独立的民事主体资格这种内生变量。但就现实情况、外生变量而言，村集体更类似于公益性组织而不具备“经济组织”的性质，不具备独立的民事主体资格。
从组织实体上看，我国农村多数有集体经济实体的地方，没有成立独立的经济组织，而由村民自治组织代行其职能。村民自治组织虽然以实现村民“自治”为本能，却在很多场合下要执行乡镇政府的指示，如一些部门摊派和各类达标活动超越村级承受能力，从而形成的债务就属于这一类。另外，村集体组织还承担了向本村范围内提供多种公共产品的职能，但是村集体提供公共产品的费用却不纳入公共财政，或者向农民转嫁，或者把本应用于集体组织扩大再生产的费用转为公共费用。显而易见，这种“经济组织”在经济上是不可持续的，它使相当比例的村集体丧失了组织发展本村经济的功能，也使村集体背上了沉重的债务包袱。从资产上说，农村集体组织都拥有土地，但集体土地从所有权到使用权都不具有完全的经营性资产属性。由于集体土地所有权主体不确定，其结果，一方面使得集体成员对其土地人人有份，而又人人无权过问。部分素质较低的村干部，趁机以各种方式贪财贪物、借款吃喝、虚报发票，无端增加了村级债务。另一方面造成了集体土地资源利用不足与使用过度矛盾的相互交织，使土地资源随意被浪费，从而导致效率低下，集体积累严重不足。从组织机构上看，村集体作为经济组织，没有构成其神经中枢的决策、经营管理及监督机构。这是导致村级投资决策不够规范，盲目兴办企业，以及基础设施、公益事业投入脱离实际的重要原因。从组织制度看，由于对我国农村集体经济组织至今没有专门的立法，绝大多数集体经济组织没有法人资格，没有内外部规范，农村集体组织也就因此没了“灵魂”，这是村集体经济组织无法正常运行，无端背上沉重债务包袱的重要法律制度因素。
