伴随着新出台的《中华人民共和国刑法》，涉税案件的侦办由人民检察院移送至公安机关管辖，回顾和总结几年以来的侦办实践，就我们公主岭市公安局经侦大队而言，总的问题是发多判少，即涉税案件发生多，立案少，刑拘少，刑拘转捕少，移送起诉少，到审判就更无从说起了；另一个突出问题就是偷税罪的案件相对侦办多一些，而虚开增值税专用发票、妨碍追缴欠税、非法出售发票等涉税案件尚属空白点。概括起来，涉税案件侦办的种类不全面，侦察不彻底，打不到位，质量不过关。全面分析，产生这些问题及其原因症结如下：
一、案件来源有限。
涉税案件来源渠道无外有四条，一是税务机关移送，二是社会公众举报，三是公安民警自侦，四是有关部门移交。相对自首案件甚少。而其中，税务机关由于种种原因，向公安机关所移送案件甚少；社会公民由于缺乏依法协税护税意识，害怕得罪人因素影响，加之纳税人大多任用裙带亲信关系，内部堡垒极难攻破，举报的案件也不是很多。至于民警自侦，由于涉税案件移送到公安机关时间较短，大多民警缺乏对税侦业务的熟悉程度，自侦起来步履维艰。有关部门移交的，毕竟限于涉税法律专业知识，由此带来罪与非罪、此罪与彼罪的界限认定不准确，从而移送质量大打折扣。
二、司法会计鉴定滞后。
按照刑事诉讼法第三世界119条之规定，办理经济犯罪案件，应当根据案件的具体情况和需要，有选择地进行涉案鉴定。而做为侦办涉税案件，司法会计鉴定尤为重要。司法会计鉴定是以案件中的财务会计痕迹的形成机制作为整体分析内容，通过分析有关会计要素及财务会计资料的各种表象指证据以与同类财务会计的方法原理，活动规律进行比较，进而作出鉴定结论，可以做为重要法律书证的一种司法鉴定技术，它主要可以为涉税案件解决涉税犯罪的财务鉴定，税额鉴定，其作用是可以发现涉税案件的侦查线索，确定涉税案件的侦查方向和侦查范围，取得是否涉嫌犯罪最直接，最有效的证据。然而，现有的经侦及税侦机构中，没有建立健全此体系，远远适应不了打击涉税犯罪的需要。
三、专业人才匮乏。
面对新的经济形势下手段隐蔽，种类繁多，方法各异的涉税犯罪，其侦查属于一个边缘学科，要求有一支既懂税收又懂刑侦的复合型人才队伍，尽管上级一直呼吁公安机关的经侦（税侦）大力补充吸收审计、财会、税收、金融等经济专业人才，而现实上由于条条框框，使得经侦（税侦）的人才结构始终未得改善，即实践
中还是缺乏对税收、财会知识精通的人才，做为负责侦查涉税犯罪的我们公主岭市公安局经侦大队，现有40名干警，财会专业人员只有2人，专业人才匮乏，致使打击涉税犯罪显得力不从心。
四、行政干预及地方保护主义有所庇护。
一些地方的单位和部门出于对本地区、本部门的利益考虑，对其涉税犯罪视而不见，充而不闻，听之任之，而遇有执法人员查处时，不是充当保护伞为其开脱，就是横加干涉，百般阻挠，有的地方首长从本地区经济发展角度考虑，以招商引资、营造发展软环境做为经济保驾护航的充分理由，以打电话，口头授意、办公会或暗示指令等方式，阻止涉税案件的侦办活动，而公安机关是在当地党委政府的绝对领导下开展业务工作的，使得一些本应依法查处的涉税案件在地方保护主义的干预下得不到及时有效地处理。
五、法人涉税犯罪面临挑战。
当前，我国正处于向市场经济体制的过渡时期，市场体系的规则尚未完全建立，企业组织的管理权能不清，未能形成一套严格要求的监督法人组织活动的网络。法人组织权力缺乏制约，必然产生负面效应，由此导致法人犯罪呈上升趋势，法人涉税犯罪相应更是如此。现在法人涉税犯罪已渗透到经济生活的诸多领域，贯穿于商品生产、流通、交换的全过程，其中法人涉税犯罪又以偷税和骗税最为突出，由于法人涉税犯罪是法人组织的整体犯罪，具有领导决策组织严密、分工明确的特点，因此其犯罪能量远非自然人可比，具有更大的危害性，与此同时，带来侦办的困难性和艰巨性。尽管《刑法》明确规定，对单位犯罪实行“双罚制”，既对单位判处罚金，又对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚，但长期以来，“法人偷税是为公”，“为公犯罪不为罪”等传统的观念总容易被社会、被群众，乃至执法人员所宽容，理解、同情，所有这些，无论是对执法人员，还是对侦办涉税案件都带来了无形的阻力。
六、税款入库急需协调。
由于税款所特有的属性，刑法第212条规定“被判处罚金、没收财产的，在执行前，应当先由税务机关追缴的税款和所骗取的出口退税款。”而由税务机关追缴的税款，原则上入国库，国税部分还要上划中央，无法返回给公安机关。而相对比较，由于目前财政紧缩，大多公安机关办案经费空前紧张，税案侦办所配套的交通、通讯、复印、监视、录像、微机等技术装备建设，其经费自给困难，必须依靠侦办涉税案件带来一定的经济效益，公安机关急需从侦办成功的税款中返回一定比例的提成、奖励及手续费等以弥补税侦的经费不足，而现行的税款入库体制与之相悖，势必会影响办案的正常进行及干警工作热情。
七、技术侦查手段不相配套。
当前经济生活中存在的假发票、假凭证、假单据、假文书泛滥，构成了涉税犯罪频发的土壤和肥料。尤其是众多增值税专用发票及其他发票案件中，其侦办的准确性和效率性受到制约，一个主要原因是鉴别技术、发票防伪侦查手段尚不成熟，除此各种鉴字、书写、印鉴、公章、凭证等财务书证的技术侦查与鉴别，也是当前侦办涉税案件需要解决的技术难题和捷径。
八、一些税务征管人员的参与加大了侦办的难度。
税收征管人员的主观愿望和素质如何，决定着税收作用的发挥程度，也决定着涉税案件侦办的难易程度。正如前文所述，税务机关移送案件问题，故意徇私舞弊，搞“以补代罚”、“以罚代刑”即以补缴税款代替罚款，以罚款代替刑事处罚，使得一些本应受到刑事追究的涉税犯罪逃脱了法律的制裁。更有甚者个别税务人员的参与，介入，甚至为犯罪分子出谋划策，相互勾结，或进行偷税方面的“技术指导”，或搞攻守同盟，或制定虚假纳税申报等税收完备手续，采取反侦查工作，由于税务人员充当保护伞，使得技术性强、隐蔽性强的涉税案件侦办起来更是困难重重，而查处其税务干部相应的渎职犯罪隶属于人民检察院侦查范围，同一税案中的相互脱节，使得公安的经侦（税侦）机关打击力度显得鞭长莫及，加大了涉税犯罪分子的有恃无恐。
九、涉案协调有待规范。
按照现行办理涉税犯罪案件的法律必备程序，对偷税额所占应纳税额的比例达到法定标准才能立案侦查乃至定罪量刑，而这里的“应纳税额”是指包含了国税、地税两项合计在内的全税种，因为目前我国实行国、地税分设的税收征管模式，而这两家机构又是平衡并列的，彼此没有隶属及管辖的关系，这样涉案税额计算认定时，国税的不管地税的数额，地税的无法包容国税的业务，两家是各自独立，互不干涉，做为承担侦办涉税案件的中立机构公安部门却要将两家涉税数额统一起来，而在具体协调运作时，却是很难统一，困难在于按照最高人民法院《关于审理偷税抗税刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第三条之规定，某一税务机关（比如国税）要确定纳税人是否涉嫌偷税犯罪，不能仅就本部门所查实偷税数额和情节进行认定和移送，还必须取得另一税务机关（地税）出具该纳税人一个纳税年度内应缴纳的各税种的应纳税额、偷税额证明，但如果另一税务机关尚未对该纳税人进行同步调查或调查不全面，如何保证提供数据的及时、准确无误，而这些恰恰决定了该纳税人是否涉嫌偷税犯罪，税务机关能否正常移送的至关重要环节。无疑一定程度上影响和制约了涉税案件的认定和诉讼。
以上列举的侦办涉税案件所暴露出来的迹象种种，问题杂杂，因素多多，期待在今后的税侦司法实践中切实探索解决之