近年来，农村信用社加大了对信息科技的投入，使得网络信息建设步入了快速发展的快车道。从总体上看，目前农信社在科技工作上，各项规章制度比较健全，设备运行比较正常，软件管理比较规范，资料保管比较好。但是与股份制银行比，据有关调查显示，农信社的整体信息化程度要落后7年至8年。可以说农信社的科技工作尚处于初级发展阶段，还存在许多不容忽视的问题:
1.观念陈旧，思想认识不到位。信用社员工特别是领导干部普遍年龄较大，学历较低，对科技知识学习掌握得不多，思维定式仍然沿用老办法多，对新事物接受少，接受慢，因而对快速发展的信息工作认识不到位，重视程度不够，具体表现为“三个不知道”：一是不知道有哪些最新的科技手段；二是不知道如何让科技推动业务工作的开展；三是不知道如何检查科技工作。对科技工作往往很茫然，束手无策，认为是太专业的工作，工作决策中主动应用得少。
2.编制过少，人员配备不到位。主要是专职人员少，技术队伍力量比较薄弱，有的联社科技部门都不单设，有的即使单设，人员也不多，只有2人，但信用社网点多，现在一个联社少则十多个，多则上百个信用社，而现在信贷、会计等部门，人民银行、银监会及上级省联社上线使用的程序越来越多，大小程序均在十几个，任务特别重，人员配备根本不到位。
3.各自为阵，整体规划不到位。由于信用社是一级法人，条线组织机构不健全，长期由人民银行等机构代管，而科技工作需要投入的资金又比较多，所以整体规划能力差，基层只能是各自为阵，这是信用社科技工作落后的最主要原因。
4.素质不高，岗位培训不到位。信用社目前科技人才匮乏，极少有科班出身、专业对口的本科以上的毕业生，科技人员占职工总数的百分比远远低于其他的金融机构。在人才少、基础差的情况下，系统的培训也很少，从专业管理员到一线的操作员，基本都是干中学，学中干，素质虽然有所提高，但与时代的要求尚有差距，面对日新月异的科技知识，他们很难承担日益繁重的科技任务。
5.制度淡薄，综合管理不到位。由于人员水平限制和制度观念淡薄，对科技工作综合管理不到位，主要表现为：个别人随意离开工作岗位，且不及时签退；密码设置规律性强，喜用易记的生日、家庭或单位的电话号码作密码，保密性差；发电机的配备不足，一旦停电，长距离的路程很难在短时间内完成调配工作；有少数营业网点对设备随意摆放，线路凌乱，没有理顺、固定；有些网点网络设备运行环境较差，防震、防潮、防火、防鼠等防范措施不到位；有些用作管理的计算机尚未安装杀毒软件，或虽已安装但不能及时升级；有些机房还储存有辐射性、强磁性、易燃性物品，对正常营运形成了潜在威胁等。由于管理不到位，安全存在一定隐患。
6.缺乏组织，系统开发不到位。中西部地区因经济发展较为落后，其农信社信息化建设还基本停留在电子化阶段，即以电子化代替手工处理业务，系统研发很少；东部地区虽然较发达，但是许多地方仍然储蓄不能跨县通存通兑、全省结算渠道不通，数据资料分散存储，难以综合统计和管理；应用系统版本有中创、神州数码等多个版本，各模块间相互分离，处理不一致；原应用系统无源程序，维护成本高，后续开发难；电话银行、网上银行等多渠道电子服务方式没有。同时办公自动化远远不够，很多省份一点都没有进展。系统开发不到位，跟不上形势发展要求。
