初查制度是检察机关制定的自侦案件立案前，确认有犯罪事实后再立案的一种办案制度，也是近十几年来检察机关自侦案件立案前的必经程序。这一制度和程序的设立,虽然在过去相当长的一个时期内，对于提高检察机关的立案质量、降低撤案率起到过重要作用，但是，随着我国改革开放的深入和社会主义民主法制进程的发展，特别是在我国加入国际人权公约之后，其影响检察机关的侦查活动和维护司法公正的制约作用也日益显现。
一、初查制度的提出和形成
初查制度始于８０年代中期，其产生背景主要是基于对刑事立案的误解和对当时社会客观环境变化的不适应。
首先是客观条件导致了对立案标准的误解。
我国刑事诉讼法第八十六条要求人民法院、人民检察院或者公安机关对于报案、控告、举报和自首材料，应当按照管辖范围，迅速进行审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的应当立案。法律规定的立案标准只是一个“主观标准”，只要审查后“主观”上认为有犯罪事实存在即应当立案，至于客观上是否发生了犯罪，是谁犯罪，则应当通过侦查解决。但随着反贪工作形势的发展，线索不清的举报、匿名举报逐渐增多，检察机关为提高立案质量、把好立案关，就需要在首先确认有犯罪事实存在后才能立案，从而就使立案前的初查有了存在的前提和必要。
其次，检察机关自侦案件的特点导致了对刑事立案对象的误解。
刑事立案，是指将犯罪或者可能是犯罪的事实列为刑事诉讼内容的诉讼活动。立案的对象应当是犯罪事实或可能存在犯罪的事实。由于检察机关管辖的自侦案件通常是职务犯罪或与职务有关的犯罪。这一特点导致检察机关对刑事立案对象的误解，即认为检察机关立案的对象是犯罪嫌疑人而不是犯罪事实。例如：在我们的《立案决定书》及有关侦查材料中常见的“对×××进行立案侦查”，便是这一误解的体现。
初查制度被正式确立，还有一个重要的背景是：由于各种原因，在80年代的中后期出现了腐败的高发期，为适应当时反腐败形势的需要，检察机关适时开展了立案竞赛。这一竞赛的结果是导致了自侦案件侦查工作质量的下降，如：不应当立案的立了案；本可以侦破的案件侦破不了；本可以办出大案的仅够立案标准即结案。这些问题出现表现在办案结果上就是立案数与起诉数之间具有较大的差额。为解决这一问题，就不得不强化立案前的初查，并最终将初查确立为立案制度之一。
二、初查制度的违法性
只要查一下刑事诉讼法有关立案的规定就不难发现，初查是没有法律依据的。刑事诉讼法在立案一章中为何未规定初查制度。笔者认为：
第一，刑事诉讼法的任务决定了它不可能规定初查制度。“保证准确、及时地查明犯罪事实”，是该法的任务之一。而初查的任务则是确认有无犯罪事实，即查明犯罪事实，这与刑事诉讼法规定的刑事侦查的任务是相同的。因此，如果刑事诉讼法规定了初查（且通过初查已可以查明犯罪事实），整个刑事诉讼法中有关侦查的规定也就失去了必要。根据刑事诉讼法的规定，立案是进行侦查的前提，只有在立案以后，侦查机关才能实施“依照法律进行的专门调查工作和有关的强制性措施”。基于这一立法思想，刑事诉讼法不可能规定也不会允许在立案前进行初查活动。
第二，刑事侦查的工作规律，决定了刑事诉讼法不会规定初查制度。刑事侦查的基本流程是：立案→侦破→预审→侦查终结。实际工作中，除侦查机关直接发现的犯罪案件以外，其它任何犯罪案件都需要经过上述侦查过程。这里有一个如何认识法律规定的事实（证据）标准问题。我国刑事诉讼法对此作了科学的规定。①只要“认为有犯罪事实需要追究刑事责任”，即应当立案侦破；②对“经过侦查，对有证据证明有犯罪事实的案件，应当进行预审”；③侦查终结时“应当做到犯罪事实清楚，证据确凿、充分”。刑事诉讼法的上述规定概括起来就是，立案时，侦查机关对案件事实的确认允许是主观的，至于实际是否发生了犯罪并不影响立案与侦破，即“主观标准”；预审时，必需有证据证明有犯罪事实，此时也只是要求有一定的证据证明发生了犯罪，但还需要通过预审“对收集、调取的证据材料予以核实”，即“准客观标准”；侦查终结时，则必须做到犯罪事实清楚，证据确实、充分，即“客观标准”。达到“客观标准”是整个侦查活动的结果，而不是侦查活动的开始（立案）。但现行的初查制度，则是在立案时即要求达到“客观标准”，这显然是违反侦查工作规律的。
综上所述，无论从依法治国、保护人权，还是从构建和谐社会和科学诉讼的角度看，刑事诉讼法不能也不会制定初查制度。
当然也有人认为，初查是有法律依据的。即刑事诉讼法第８６条“对于报案、控告、举报和自首的材料，应当按照管辖范围，迅速进行审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的时候，应当立案”，从而把“审查”作为初查的法律依据。强调“审查”包括“调查”的含意，进而推断刑事诉讼法是允许进行初查的。笔者认为，这一解释有些牵强。首先，８６条规定的“审查”对象是“材料”，而不是“事实和证据”。其次，刑事诉讼法并未规定审查时可以采取“调查”的手段。
三、初查制度的危害性
无论是从法理上还是从近十几年的诉讼实践看，初查制度的实施，对正确地实施刑事诉讼法已经产生了实际的不利后果，其制约作用也逐渐突显。
第一，采用初查制度必然导致违法诉讼，使“严格执法”和“司法公正”难以落实。这主要表现在两个方面：首先，初查会导致侦查手段的滥用。侦查人员进行“初查”时，不采用侦查手段是无法获取证据的。为了获取证据，侦查人员必需采用相应的侦查手段（如询问证人、检查帐目、讯问犯罪嫌疑人等）进行调查，这就导致了侦查手段的非法使用；其次，许多通过初查取得的证据，在立案后已无法获取，从而导致案件在公诉时只能使用这些通过非诉讼程序获取的证据。
第二，采用初查制度会影响侦查工作的正常进行。司法实践中，由于初查缺乏法定的调查手段和措施，从而对侦查工作直接产生了不利影响。一是在调查中遇有反侦查活动时，往往束手无策，致使案件因查不透而出现“夹生”，待立案后已无法纠正，从而成为一些案件查不明，诉不出的原因之一。二是目前的初查制度中为防止带来不利影响，规定了一些不得采用的“侦查”手段，但许多案件是必须采取相应的侦查措施才能查明犯罪事实的，遇有这类情形时，往往会出现查不实、查不深的情况，而犯罪事实查不实又不能“立案”，致使一些犯罪案件被迫放弃侦查，造成犯罪分子逃脱了刑事责任的追究，从而影响到执法和司法的公正性。
第三，初查会导致侦查工作失去相应的监督。按照刑事诉讼法规定的侦查程序，通过立案侦查，可能出现两种结果，一是通过侦查，查明有证据证明有犯罪事实，应当进入预审；二是通过侦查，查明没有犯罪事实，或因客观条件的限制无法收集有罪证据，不能进行预审，而应当取消案件。但由于初查是将侦破工作置于了立案之前，对应当通过作取消案件处理的情形，就可以通过不立案解决，致使取消案件的诉讼过程失去了程序上的监督。不立案在一定程度上就成为处理“不好查”案件的借口，这也是导致有案不立的重要因素。
总之，初查制度的建立和实施，已经对检察机关的执法形象和维护司法公正造成了危害。在中央一再强调依法治国、建设社会主义民主政治、构建和谐社会的今天，日益成为急需解决的突出问题。
四、取消初查制度需要解决的几个问题
初查制度已经实际实施了十几年，许多同志已经形成了一种贯性的思维和观念。因此，要解决好这一问题，还需要做好以下几个方面的工作：
一是要转变刑事立案观念。首先，应当正确理解刑事诉讼法规定的立案标准是“主观标准”，而不是客观标准，使的初查制度成为“没有必要”。其次，应当树立先立后查，依法办案的观念，将立案作为刑事调查的必要前提。司法实践中，我们也不是对所有的举报线索均进行初查，也是认为可能存在犯罪需要追究刑事责任的，才进行初查。实际上绝大部分案件在进行初查时，已达到了法定的立案标准。再次，应当树立以事立案的观念。无须待确认犯罪嫌疑人后再立案。
二是要转变侦查观念，改进侦查工作。在讨论取消初查制度时，有的同志可能会担心放开立案，会导致对当事人的非法侵害，从而给当事人、社会和侦查机关带来不利的影响。但现实是，由于“初查”制度的建立没有法律上的可靠依据，所以它不仅没有达到预期的结果，反而带来了许多新的问题，例如，初查中证人作伪证时不能依法处置；犯罪嫌疑人不供时无法采取强制措施；有关单位拒绝查帐时无法强制进行；初查中所获取的证据无法在法庭上运用等等。实际上，初查本身就是一种非法诉讼行为。采用这一非法形式来制止办案中的其他违法行为，是一种消极的方法。积极的方法应当是根据刑事诉讼法的规定，建立健全侦查制度，用合法的办案制度来约束违法的办案行为。在这方面我们应亟需制定的侦查制度主要应包括：①秘密侦破制度。除犯罪嫌疑人自首的情形外，侦破工作应当秘密进行。②侦破工作程序。案件侦破过程中可以采用的侦查措施。在案件侦破之前，不得讯问犯罪嫌疑人。③破案标准。即进入预审阶段所必须的证据标准。
三是要提高侦查人员的业务水平。取消初查制度后，可能带来的一个后果就是撤案数的增加。如何正确的认识这一现象呢？首先，应当正确认识立案与撤案的关系。撤案不是对立案本身的否定，而是对立案对象的否定。撤案是保护无罪的人不受刑事追究的主要法律措施，这完全是一种正常的诉讼过程。其次，应当搞清撤案的原因。刑事侦查中的撤案原因主要有：①立案时未能正确地审查材料，错误的认为有犯罪事实需要追究刑事责任。②受侦查水平所限，无法查明犯罪事实。③客观上不具备侦破条件，导致案件无法查清。④经侦查发现立案材料不实，不存在犯罪事实。目前检察机关由于存在着初查，因而自侦案件撤案的主要原因是前两种情形。因此，在取消初查制度后，上述第④种撤案情形可能会增加，但随着侦查人员执法水平的提高，其他类型的撤案情形就会大幅度减少。所以，取消初查制度从长期和整体来看不会导致检察机关撤案数量的增加。
四是要改变对案件的统计及报告、宣传的方法。首先是在案件统计方面，将立案数改为案件受理数。检察机关接受举报等不一定立案，而立案仅能说明检察机关实际接受案件的情况，反映出该机关的工作量和在打击犯罪方面的主动性。其次是增加破案统计指标，并作为检察机关考评和对外宣传自侦案件数量的主要指标。第三，对撤案原因进行具体化的统计和分析，不断改进侦查工作，以保证立案工作的严肃性，从而把维护司法公正，构建和谐社会的目标真正落到实处。